Besteht im Garten die Gefahr des Pollenaustauschs, bzw. der Kreuzung verschiedener Sorten der gleichen Pflanzenart, müssen die Samenträger isoliert werden, um die besonderen Eigenschaften jeder Sorte zu bewahren. Dafür stehen verschiedene Isolationsmethoden zur Verfügung.

Räumliche Isolation Die einfachste Methode ist, pro Gartenparzelle nur eine Sorte von jeder Pflanzenart anzubauen. Dasselbe macht man auf einer anderen Parzelle, die weit genug entfernt ist, um einen Pollenaustausch zwischen den Sorten zu verhindern.
Die einzuhaltenden Abstände sind für jede Gemüseart anders. Sie hängen auch von Umweltfaktoren und Bestäubungsweisen ab. Bestäuben die Insekten, genügen einige hundert Meter Abstand. Wenn die Bestäubung hingegen durch den Wind geschieht, muss eine viel grössere Distanz eingehalten werden.
Eine dichte Hecke kann beispielsweise die Risiken des Pollentransports durch Insekten oder den Wind stark verringern.
Viele Blumen in der direkten Nachbarschaft der Samenträger locken die Insekten an und lenken sie von den Blüten anderer Samenträger ab.

Zeitliche Isolation

Der Anbau von zwei verschiedenen Sorten derselben Pflanzenart kann gestaffelt geschehen. So blühen sie zu unterschiedlichen Zeiten und es besteht kein Risiko des Pollenaustauschs. So können auf einer Parzelle zwei Blattsalatsorten angebaut werden, wobei die früher Ausgesäte schon in Blüte steht, während sich die andere noch im Stadium der jungen Pflänzchen befindet. Dazu muss man allerdings den Zyklus und die Blütendauer jeder Pflanzensorte genau kennen.

Mechanische Isolation

Das Insektennetz ist ein wertvoller Verbündeter für die sichere Saatgutvermehrung. Das ist ein feinmaschiges Netz, das in Hinblick auf die Insekten und auf seine Funktion ausgewählt werden muss: die Insekten am Eindringen hindern oder sie drinnen behalten.
Die Insektennetze können auch auf verschiedene Weise angewandt werden.
Die Technik des „Einsackens“ einer Blüte ist für die Produktion von sehr kleinen Mengen Saatgut und ist selbstbefruchtenden Zwitterblüten vorbehalten. Dazu wird die noch geschlossene Blüte mit einem Stück Vlies eingepackt, das man so verschliesst, dass kein Insekt hineinschlüpfen kann. Das Vlies kann entfernt werden, sobald die Blüte abgeblüht ist. So kann sich das Gemüse ungestört entwickeln. Nicht vergessen, die Frucht als Saatgutträger zu kennzeichnen.

Auf die gleiche Weise können ein ganzer Ast oder eine ganze Pflanze mit dem Vlies isoliert werden. Zuvor müssen alle offenen Blüten entfernt werden, da sie vielleicht schon von einem Insekt bestäubt wurden.

Um eine grössere Menge Saatgut zu erhalten, ist das Aufstellen von Isolationskäfigen oder -tunnel ein effizientes Mittel. Man packt die Pflanzen mit selbstbefruchtenden Zwitterblüten im selben Vliestunnel ein, um sie vor den Insekten zu schützen.

Für die fremdbefruchtenden Pflanzen, die Insekten für die Bestäubung benötigen, werden Hummelstöcke in den Tunnel gebracht, damit sie die Pflanzen bestäuben. Natürlich wird nur eine Sorte pro Pflanzenart isoliert. Um die Kosten für den Hummelstock zu amortisieren, empfiehlt es sich, einen grossen Tunnel mit vielen Samenträgern einzurichten.

Es existiert auch die Methode des abwechselnden Abdeckens, um auf derselben Gartenparzelle zwei Sorten der gleichen fremdbefruchtenden Pflanzenart, wie etwa zwei Zucchinisorten zu vermehren. Man baut in einem Tunnel die erste Sorte an, in einem anderen die zweite Sorte. Hummelstöcke werden dabei nicht benötigt, weil man die Tunnel an abwechselnden Tagen öffnet, sobald die Blüte beginnt. An einem Tag wird Tunnel Nummer 1 geöffnet, am nächsten Tag Tunnel Nummer 2. Man achtet darauf, die Tunnel schon frühmorgens zu öffnen und erst spät zu schliessen, denn im Sommer beginnen die Insekten ihren Arbeitstag früh und nutzen den Abend, wenn im Garten kein Lärm mehr herrscht.
Allerdings wurde bei dieser Methode beobachtet, dass weniger weibliche Blüten bestäubt werden und es somit weniger Früchte gibt.
Trotz allem, die Natur ist sehr grosszügig und man wird das für die nächsten Jahre benötigte Saatgut ernten können.