Quando existem riscos de polinização cruzada entre variedades da mesma espécie na horta, é necessário isolá-los para conservar as características próprias de cada variedade. Diversas técnicas de isolamentos são possíveis.

Isolamento no espaço

Podemos simplesmente cultivar uma única variedade de cada espécie em uma mesma horta. E fazer igual em outra horta distante o suficiente de maneira que não haja fecundações cruzadas entre as variedades. As distâncias entre variedades são indicadas para cada hortaliça no seu vídeo de produção de sementes. Elas dependem também de fatores ambientais e do tipo de polinização. Se são os insetos que polinizam, algumas centenas de metros de distância são suficientes. Mas se a polinização se faz pelo vento, é preciso deixar uma distância mais importante.
Uma barreira natural, de árvores ou arbustos, muito densa, por exemplo, vai diminuir os riscos de transporte do pólen pelo vento e pelos insetos. Muitas flores no entorno direto das plantas porta-sementes terão como efeito de atrair os insetos e de tirar a atenção deles das outras plantas porta-sementes. Também nessas condições os insetos não precisam mais percorrer grandes distâncias na busca de alimento, o que limita os riscos de polinização cruzada por insetos.

Isolamento no tempo

Podemos cultivar duas variedades de uma mesma hortaliça em épocas diferentes. A floração das duas variedades não irá acontecer ao mesmo tempo, portanto os riscos de cruzamentos são impossíveis.
Podemos, por exemplo, cultivar duas alfaces na mesma horta, enquanto uma semeada bem mais cedo estará florescendo a outra estará no estágio de planta mais jovem. Para isso é preciso conhecer bem o ciclo da planta e o seu período de floração.

Isolamento mecânico

A tela mosquiteira é um precioso aliado para produzir sementes com segurança. É uma tela muito fina que deve ser escolhida em função dos insetos e do seu objetivo: impedir os insetos de entrar ou manter eles dentro da proteção. Essas telas mosquiteiras podem ser utilizadas de diversas maneiras.
Podemos, primeiramente, proteger uma só flor. Essa técnica é reservada às flores hermafroditas e autofecundas, e para uma produção de sementes em pequena quantidade. Envolvemos a flor que ainda não abriu com um pedacinho de tela, amarramos com um barbante de maneira que o inseto não consiga entrar. Será necessário retirar essa proteção quando a flor murcha, para que a hortaliça possa se desenvolver tranquilamente. Atenção para não esquecer de anotar qual fruto foi reservado para a semente.
Podemos também proteger um galho ou uma planta inteira. Antes disso, tiramos fora as flores já abertas ou fecundadas que podem ter sido polinizadas por insetos. A instalação de gaiolas ou túneis de tela é muito eficiente para obter uma produção de sementes mais importante.
Cultivamos as plantas hermafroditas e autofecundas debaixo do mesmo túnel para protegê-las dos insetos do ambiente. Para as plantas alógamas que necessitam da presença de insetos para serem fecundadas, introduzimos caixinhas de insetos, geralmente mamangavas, dentro dos túneis para que estes polinizem as plantas. É claro, vamos cultivar apenas uma variedade de cada espécie por baixo da proteção. Para compensar o custo da caixinha de insetos, é aconselhado montar um grande túnel com bastante plantas porta-sementes.
Podemos também utilizar uma proteção alternada para multiplicar numa mesma horta duas variedades de plantas alógamas da mesma espécie, como por exemplo, duas abobrinhas de variedades diferentes. Sem caixinhas de mamangavas, cultivamos em um túnel coberto uma variedade de uma espécie e em um outro túnel coberto uma outra variedade da mesma espécie. Abrimos os túneis em dias alternados durante o período de floração. O primeiro dia abrimos o túnel n°1 e fechamos o n°2, no dia seguinte fazemos o contrário.
É importante abrir os túneis bem cedo pela manhã pois os insetos começam o trabalho deles cedo durante o verão, da mesma forma é preciso fechar os túneis bem tarde, quando já não há mais barulhos na horta. Com esse método constatamos um menor número de flores femininas polinizadas e consequentemente o número de frutos. Portanto, a natureza é tão generosa que mesmo assim o agricultor irá colher a quantidade de sementes necessária para os anos seguintes.